近年来，长江流域省份通过流域间横向生态补偿协议的签订和实施，生态补偿效益初步显现。今年的政府工作报告提到，加强生态系统保护修复。生态补偿机制如果仅停留在资金补偿方式，效果为“治标”而非“治本”。
为从根本上保护长江流域生态环境，建议流域间生态补偿机制可以由单一的付费补偿方式，转为以科技力量支持补偿和科技资金补偿相结合方式。研发既能满足生态环保要求又能促进当地产业发展的有机农药、化肥、农膜等或其替代品，从源头降低水土污染隐患，促进上游保护区产业向环保产业及高新技术研发方向发展。同时从国家层面，设立长江上下游省份之间的生态补偿机制农业科技补偿试点等。
