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全基因组测序与进化遗传分析促进“3E”鱼种保护利用

2018-12-28 16:30来源: 科技日报编辑:遥城

  鱇浪鱼是分布在澄江抚仙湖流域的特有鱼类,一度面临几近灭绝的厄运。近日,中科院昆明动物研究所研究人员完成了这种地方特濒危有高价值鱼种的全基因组测序与进化遗传分析工作,有望促进物种的保护与开发利用。
  鱇浪白鱼是云贵高原湖泊中一种典型的“3E”鱼类,即具有濒危(Endangered)、特有(Endemic)和经济价值(Economic)三重特点。
  昆明动物研究所杨君兴研究组助理研究员蒋万胜介绍,鱇浪白鱼具有一系列独特的生物学特点,被认为是与抚仙湖的形成和演化过程密切相关。上个世纪末,由于过度捕捞、产卵场地破坏、外来引入种竞争等多种因素的作用下,鱇浪白鱼的种群数量锐减,一度成为中国物种红色名录易危物种。
  此前,昆明动物研究所长期推动鱇浪白鱼的保护与可持续利用研究,并在2003年首次实现人工繁殖,使种质资源得以保存,并推动了其野外种群恢复和本土渔业利用。2016年起,杨君兴团队又联合华大基因等开展了鱇浪白鱼全基因组测序工作。基于分析数据,研究组通过比对18种鲤科鱼类的基因组或转录组数据,获得了4580单拷贝同源基因,构建了首个基于组学数据规模的鲤科鱼类各亚科之间的系统发育关系,以及鱇浪白鱼的种群历史动态,开发获得了近3.4万个微卫星位点,对鱇浪白鱼4个种群进行了遗传多样性的初步评估。
  该研究已最新发表在国际权威期刊《遗传学前沿》杂志上。